जबाबदारी सयाजीरावांनी धर्म खात्यावर सोपवली. १९१७ पासूनच धर्म खात्याच्या वतीने प्राचीन भारतीय संस्कृती आणि तुलनात्मक धर्म या विषयांवर सार्वजनिक व्याख्यानांचे आयोजन करण्यात येऊ लागले.
धर्म खात्याच्या स्थापनेनंतर धर्म अधिकाऱ्याच्या नावे राखीव व साधारण असे दोन प्रकारचे निधी निश्चित करण्यात आले. या निधीतून आरोग्य व शिक्षणावर खर्च करण्यास परवानगी देण्यात आली. त्यानुसार १९१७-१८ मध्ये कडी जिल्ह्यातील औषधालयावर १२,००० रु. व बडोद्याच्या महाराणी चिमणाबाई साहेब प्रसूतिगृहासाठी ३०० रु. खर्च करण्यात आले. तसेच अमरेलीच्या अनाथालयास वार्षिक २,४५० रु. निधी देण्याचा निर्णय घेण्यात आला. धर्म खात्याच्या वतीने बडोदा व अमरेली जिल्ह्यातील काही मंदिरांमध्ये धर्मविषयक प्रबोधन करण्यासाठी धार्मिक उपदेशक नेमण्यात आले. हे धार्मिक उपदेशक बडोदा व अमरेली जिल्ह्यातील खेड्यांमध्ये सामाजिक व धार्मिक बाबींमध्ये समाजप्रबोधन करीत. धर्म खात्याची रचना, खात्यावर सोपवण्यात आलेल्या जबाबदाऱ्या आणि देण्यात आलेले अधिकार यांचा विचार करता सयाजीरावांनी या खात्याच्या माध्यमातून प्रशासकीय पातळीवर धर्मसुधारणेचा प्रयोग यशस्वी केला. स्वतंत्र धर्मखाते स्थापन करून समाजात धर्मपरिवर्तन घडवून आणणारे सयाजीराव हे आधुनिक इतिहासातील पहिले प्रशासक ठरतात.
