मध्ये बडोद्यात त्यांनी लागू केलेला धार्मिक स्वातंत्र्याचा कायदा या पार्श्वभूमीवर विचारात घ्यावा लागतो. संस्थानातील जनतेला कोणत्याही धर्माचे पालन करण्याचे स्वातंत्र्य कायद्याच्या माध्यमातून प्रदान करण्यापूर्वी जनतेमध्ये सर्व धर्माबद्दल 'समताभाव' रुजवण्याचा प्रयत्न सयाजीरावांनी सातत्याने केला. बडोदा कॉलेजमध्ये सुरू करण्यात आलेले तुलनात्मक धर्म अभ्यासाचे अध्यासन हा या प्रयत्नांचाच भाग होता.
ब्रिटिश कायद्याप्रमाणेच धर्मांतराने अथवा जातीबहिष्काराने व्यक्तीच्या अर्जित हक्कांवर कोणत्याही प्रकारची गदा येणार नाही याची काळजी धार्मिक स्वातंत्र्याच्या कायद्यात घेण्यात आली. धर्मांतर करणाऱ्या व्यक्तीने नोंदणी कामदाराला पूर्वसूचना देणे बंधनकारक करण्यात आले. तसेच धर्मांतर करू इच्छिणारी व्यक्ती काही काळ बडोद्याची रहिवासी असणे आवश्यक होते. जबरदस्तीने कोणत्याही व्यक्तीचे धर्मांतर होऊ नये यासाठी कायद्यात या तरतुदी करण्यात आल्या होत्या. आज आपल्या सभोवताली स्वधर्म श्रेष्ठता व परधर्माविषयीच्या आकसातून जबरदस्तीने होणारी धर्मांतरे विचारात घेतली तर १९०१ च्या कायद्यातील या तरतुदींचे 'चिरकालिनत्व' लक्षात येते.
सयाजीरावांनी धार्मिक सुधारणा करताना हिंदू धर्मांबरोबरच १९०१ मध्ये ९ टक्के असलेल्या मुस्लिमधर्मीयांसाठी 'वक्फ कायदा' केला. मुस्लिम धर्मीयांमध्ये दानधर्मासाठी दिलेल्या देणगीला 'वक्फ' असे म्हणतात. अशा देणगीची व्यवस्था
